1、溶劑提取法：水溶性生物鹼溶於水，要將其從水中提取出來就要採用於水不能混溶的親水性有機溶劑，如正丁醇、戊醇、含百分之甲醇或乙醇的氯仿等，自中草藥的水提取液中多次萃取，回收有機溶劑，得到混合的水溶性總鹼。
2、沉澱法：此法是利用水溶性生物鹼遇生物鹼沉澱試劑可以從中草藥的酸水提取液中沉澱析出，濾出沉澱，再用適當的時機進行分解，最後分出生物鹼。 最常採用的是雷氏銨鹽沉澱法。
3、鹽析法：水溶性生物鹼的水提取液在用溶劑提取時也可配合鹽析法提高提取效率，即在水提取液中加入無機鹽，如氯化鈉、硫酸銨等，一般鹽的濃度在百分之七以上直至飽和。無機鹽的加入可使生物鹼在水中的溶解度降低，從而易於被有機溶劑提出，一次可以減少有機溶劑的萃取次數。
