側濾魚缸吸糞便的原理是，水泵把水從過濾部分抽向魚缸，溢位的水通過溢流口流入過濾部分的第一格，再，在隔板的引導下流經各種濾材，並從最後一格通過水泵再次送入魚缸，如此迴圈下去。使用側濾魚缸，好處是不影響魚缸的正面視覺美感。
側濾魚缸的原理用玻璃在魚缸背部或側部隔出一部分做過濾，魚缸內部同時分成幾小格，用於放置過濾裝置和迴圈泵，一邊設有溢流口。
當水泵把水從過濾部分抽向魚缸時，魚缸溢位的水通過溢流口流入過濾部分的第一格，在隔板的引導下流經各種濾材，最後一格通過水泵再次送入魚缸，如此迴圈。
過濾裝置放置在側濾、背濾，適當放置不影響魚缸的正面視覺美感。即使停電，側濾魚缸也沒有水漫金山的憂慮。
