來源不同：茯苓為多孔菌科真菌茯苓的乾燥菌核。而云苓為百合科植物光葉菝葜的乾燥根莖。
性狀不同：市面上常見的茯苓為去皮後切制陰乾或晒乾的茯苓，呈立方塊狀或方塊狀厚片，白色、淡紅色或淡棕色，粉末為灰白色；雲苓呈圓柱形，表面黃棕色或灰褐，凹凸不平，質堅硬。在菜市場常見颳了皮的新鮮雲苓和刮皮切片的雲苓片，在藥材市場或藥店、醫院藥房看到的是切片後乾燥的雲苓片，切面為類白色至淡紅棕色，折斷時有粉塵飛揚，以水溼潤後有粘滑感，粉末淡棕色。
口感不同：茯苓味淡，嚼之粘牙；雲苓味微，甘澀且偏於味苦。
功效不同：茯苓性味甘淡平，入心、肺、脾、腎經。具利水滲溼，健脾，寧心之效，主用於水腫尿少，痰飲眩悸，脾虛食少，便溏洩瀉，心神不安，驚悸失眠；雲苓性平味甘淡，入肝、胃經，有解毒，除溼，通利關節之效，主用於梅毒及汞中毒所致的肢體拘攣，筋骨疼痛；溼熱淋濁，癰腫，瘰癧，疥癬。
