華西醫科大學有臨床醫學院、基礎醫學與法醫學院、藥學院和口腔醫學院，各院的專業：
1、臨床醫學院，專業有藥劑學、內科學、外科學、護理學、腫瘤學、臨床檢驗診斷學、婦產科學、麻醉學、病理學與病理生理學、面板病與性病學、神經病學、生理學、眼科學、影像醫學、核醫學、運動醫學、兒科學、中西醫結合臨床、精神病與精神衛生學、康復醫學與理療學、老年醫學、遺傳學、急診醫學、耳鼻咽喉科學、循證醫學、臨床藥物與器械評價科學、移植科學與工程學；
2、基礎醫學與法醫學院的專業，專業有藥理學、生物醫學工程、法醫學、生物化學與分子生物學、病理學與病理生理學、生理學、人體解剖與組織胚胎學、免疫學和病原生物學；
3、藥學院，專業有藥事管理學、藥物化學、藥劑學、藥理學、藥物分析學、生藥學、微生物與生化藥學和臨床藥學；
4、口腔醫學院，專業有口腔臨床醫學和口腔基礎醫學。
