1、城鄉結構問題：在“十二五”頒佈實施首部國家基本公共服務體系五年規劃的基礎上，基本公共服務已經初步實現了城鄉全覆蓋。廣大農村地區的服務水平與城鎮相比，仍有較大差距；
2、地區結構問題：勞動力和人口等公共服務的物件在向東部地區、城鎮特別是大城市流動，但公共服務資源的配置依然在向中西部地區和農村傾斜，一方面新市民不能平等地享有流入地的公共服務，另一方面流出地則出現了服務設施等資源的閒置浪費甚至是廢棄；
3、人群結構問題：當前以常住人口為政策錨定人群的公共服務體系，存在著政策盲區，比如暫住人口，又如實際常住但不進行登記的人口，不能順暢地享有所在地的公共服務；
4、供給主體結構問題：政府、企業、社會組織作為公共服務的提供主體，各自的比較優勢沒有完全發揮出來，通力協作的合作平臺也不完善，公共服務的供給方式依然較為落後，與新的形勢不相適應，制約服務效率和效果的提高。
