蒼蠅的天敵可分為捕食性天敵、寄生天敵、微生物天敵。
1、捕食性天敵：包括青蛙、蜻蜓、蜘蛛、螳螂、螞蟻、蜥蜴、壁虎、食蟲虻和鳥類等。雞糞是家蠅和廄蠅的滋生地，但其中常存在生性凶殘的巨螯蟎和蠼螋，會捕食糞類小的蠅卵和蠅蛆。
2、寄生天敵：如姬蜂、小蜂等寄生蜂類，它們往往將卵產在蠅蛆或蛹體內，孵出幼蟲後便取食蠅蛆和蠅蛹。有人發現，在春季挖出的麻蠅蛹體內，60.4％被寄生蜂侵害而夭亡。
3、微生物天敵：日本學者發現森田芽孢桿菌可以抑制蒼蠅滋生，中國學者也發現“蠅單枝蟲真菌”孢子如落到蒼蠅身上，會使蒼蠅感染單枝蟲真菌。
蒼蠅的食性非常複雜，屬於雜食性蠅類，可以取食各種物質，如人的食物、人和畜禽的分泌物和排洩物、廚房殘渣和其他垃圾以及植物的液汁等。家蠅飽食之後，間隔很短時間（幾分鐘），即可排糞。由於吐瀉、排糞頻繁，失水較多，又促使其頻繁取食，因而蒼蠅在孳生物質上邊吃、邊吐、邊排，造成嚴重汙染。在畜禽場裡，飼料及飲水器具常被其汙染。
