稽核的基本方法是按操作流程自上而下或自下而上的稽核方法、按要素稽核的方法、按部門稽核的方法、順藤摸瓜稽核方法、現場掃描稽核方法。在稽核過程中如何抽取檔案資料樣本、裝置型號、工具編號、查證記錄、發現問題和獲取客觀證據，則需根據實際情況和所掌握的稽核技術來選擇適宜的方法。
1、按操作流程自上而下或自下而上的稽核方法：包括自上而下即自原材料生產至最終產品產出，或自下而上即自最終產品產出逆向而上到原材料生產兩種方法。
2、按要素稽核的方法：指以要素為中心，對該要素所涉及的部門皆進行稽核。
3、按部門稽核的方法：對該部門所有活動和所涉及的要素一次稽核清楚，不反覆去該部門調查，然後按要素把該部門稽核的結果彙總起來，得出該部門的稽核結論。
4、順藤摸瓜稽核方法：是以問題線索為主導，深入追查或核實。稽核員先到資訊集中的部門進行稽核，根據這一部門的有關資訊發現體系中可能存在的問題，並就某些資訊的落實和實施情況到有關部門進行核查。
5、現場掃描稽核方法：現場掃描是以全面觀察現場現象為主的稽核方法。這種方法是稽核員到作業現場後，先對作業現場概況進行掃描，然後抽取一定的樣本進行核查。標準的一些要素的要求，如執行控制、檢查與糾正措施等，只有通過現場掃描，才能獲得客觀證據，得出準確結論。
