1、蜂種不同：黑蜂蜂蜜是黑蜂採集花蜜釀製而成的，在我國主要有東北黑蜂和新疆黑蜂兩種，而普通蜂蜜是意蜂或中蜂釀製而成的，其中尤以意蜂釀製的意蜂蜜最為普遍，其實市場上絕大多數蜂蜜都是意蜂釀製的，中蜂蜜因產量稀缺且價格昂貴而很少在市場上售賣。
2、蜜源不同：黑蜂蜂蜜的蜜源比較複雜，東北黑蜂最著名的蜜源植物是椴樹（包括紫椴和糠椴），新疆黑蜂的蜜源植物主要是益母草、野薄荷等山花，而普通蜂蜜的蜜源植物主要是油菜花、洋槐、棗樹等，另外蜂蜜因主要蜜源不同可分為椴樹蜜、槐花蜜、油菜花蜜等。
3、產地不同：黑蜂蜂蜜在我國主要產於新疆和黑龍江，其中東北黑蜂蜂蜜主要產於黑龍江的饒河縣及周邊地區，新疆黑蜂蜂蜜主要產於新疆的克斯縣、尼勒克縣、昭蘇縣等地，而普通蜂蜜的產地幾乎遍及全國各，從南到北、從東到西只要有養蜂的地方就有蜂蜜出產。
4、成分不同：黑蜂蜂蜜和普通蜂蜜的主要成分都是葡萄糖和果糖，尚含少量的蔗糖、氨基酸、維生素、礦物質及酶類等活性成分，區別在於不同蜂蜜中各種營養成分的含量有差異，其中最顯著的是葡萄糖和果糖的含量不同，但倘若是同一蜜源釀製的則基本沒有區別。
