黴菌的種類很多，約有45000種左右，常見的黴菌有根黴、鐮刀菌、麥角菌、毛黴、脈孢菌、黃麴黴、青黴、煙麴黴、寄生麴黴、米麴黴等。黴菌是形成分枝菌絲的真菌的統稱，不是分類學的名詞，在分類上屬於真菌門的各個亞門。構成黴菌體的基本單位稱為菌絲，呈長管狀，寬度2-10微米，可不斷自前端生長並分枝。
黴菌是真菌的一種，其特點是菌絲體較發達，無較大的子實體。同其他真菌一樣，也有細胞壁，寄生或腐生方式生存。黴菌有的使食品轉變為有毒物質，有的可能在食品中產生毒素，即黴菌毒素。自從發現黃麴黴毒素以來，黴菌與黴菌毒素對食品的汙染日益引起重視。
黴菌有著極強的繁殖能力，而且繁殖方式也是多種多樣的。雖然黴菌菌絲體上任一片段在適宜條件下都能發展成新個體，但在自然界中，黴菌主要依靠產生形形色色的無性或有性孢子進行繁殖。孢子有點像植物的種子，不過數量特別多，特別小。
