乙醇分子同時具備親水的羥基和疏水的烴基。乙醇分子的烴基可與蛋白質內部的疏水基團結合，讓蜷曲旋轉的蛋白質長鏈鬆弛、施展，導致蛋白質的變性。而酒精可以通過單純擴散的形式通過細菌的細胞壁和細胞膜進入到細胞內部，導致細菌內部蛋白變性，從而起到殺菌的作用。細菌外層的細胞壁主要成分是肽聚糖組成，還有一層外膜主要成分為脂蛋白、脂質雙層和脂多糖。百分之七十五濃度的酒精可以透過這些阻擋直達細菌內部。但純酒精還有另一個作用，脫水。使用純酒精會造成細菌的細胞壁、外模脫水固化形成一層緻密的保護膜，使得乙醇分子難以進入細菌內部。而濃度不夠起不到殺滅細菌的作用。
主要原因是上皮細胞並不是直接暴露在體表的，外面還覆蓋有角質和死細胞。面板由表及裡有以下五層構成，角化層透明層顆粒層棘層基底層。活細胞最多可摘顆粒層觀察到，角化層和透明層是沒有活細胞的。角化層細胞內部充滿角化蛋白，而且細胞間由緻密的細胞橋粒連結，像盾牌一樣，阻擋酒精的侵入，口腔部分上皮沒有角化層但存在透明層，所以也不很怕。
