1、心邊材不同：印尼小葉紫檀心邊材區別明顯，邊材白色至淺紅褐色；心材黑色及不規則黑色心材；印度小葉紫檀邊材多黃白色或者黃褐色，心材多橘紅色，隨著時間的推移顏色會逐漸變深，直至紫黑色。
2、密度不同：印尼小葉紫檀木材有光澤，氣幹密度1.01g/cm3，緻密度較高，屬於木材中難得的存在；印度小葉紫檀木材光澤度較好，氣幹密度1.05～1.26g/cm3，緻密度在木材中屬於較高的存在。
3、氣味不同：印尼小葉紫檀無特殊氣味；印度小葉紫檀有特殊的檀香味，這點可以當做鑑別真假的依據。雖然市面上叫紫檀的木材很多，但是國際上只認準印度小葉紫檀為真正的小葉紫檀。
印度紫檀屬於花梨木樹種，而印度小葉紫檀屬於紫檀木類別。紫檀木和花梨木的木材特性本身就是不一樣的，而且密度差異較大。通常情況下，木材氣幹密度並沒有達到0.76克每立方米的，不能被稱為花梨木，僅能被稱為亞花梨木。根據這樣嚴格的界定方式，據說，紫檀科樹種中只有印度小葉紫檀達到了紫檀木的標準，其他的樹種都被劃到了花梨或者是亞花梨類中。
