從操作上來說，手動是需要踩離合器進行手動掛擋和倒車的。而自動擋不用踩離合，只有剎車和油門，D擋前進、N空擋、P駐車和R倒退，自動擋要比手動擋操作要簡單。
從工作原理上看手動擋是通過撥動變速桿才能改變變速器內的齒輪齧合位置，改變傳動比，從而達到變速的目的。而自動擋利用行星齒輪機構進行變速，它能根據油門踏板程度和車速變化，自動地進行變速。
從兩者之間的優缺點上來看，手動擋操作複雜，對駕駛員的操作技術有一定的要求，同時操作時間長，容易產生疲勞。自動擋汽車對速度變化反應較慢，傳動效率低變矩範圍有限，油耗要比手動擋要高，同時沒有手動變速箱靈敏，而且機構複雜。
從經濟方面來看，手動擋的技術更加成熟，同時價格更便宜，而且後期維修保養方便，而自動擋則反之。
