出現這種情況最為可能的原因就是空調濾芯的問題，因為它阻擋了部分體積較大的雜物和灰塵，而這些雜物如果長時間堆積發黴，就會產生難聞的異味。除此之外，汽車空調的蒸發器也是產生異味的一大原因蒸發器除了具有冷卻空氣的作用外，其散熱片還可起到一定的空氣濾清器的效果，過濾空氣中的不清潔物體，但若空氣中的不潔物和冷凝水滯留在蒸發器的散熱片表面，在空氣中的塵土相結合，形成黴菌生長源，長此以往，異味就會越來越濃。
還有一種情況是外部發動機有廢氣洩漏和進風口有異物導致從空調進風口進入難聞的異味，這種情況下很好檢查去維修店開啟機蓋檢查就可以明顯看到。
在有異味的時候，很多人都使用空氣清新劑或香水來掩蓋空調氣味，其實這不但無益反而有害。解決汽車空調汙染方法有很多，可以更換空調濾清器，這是最簡單的辦法，一個原廠的空調濾芯使用壽命是三萬公里或一年，如果經常行駛在土路或質量較差的路面就要適當縮短更換週期。尤其是對於經常在車內吸菸的車主，更要注意勤換空調濾芯。但是更換濾清器只能避免灰塵雜物進入風道，不能徹底的殺滅細菌黴菌；現在最好使用專業的裝置對空調以及風道做一次徹底的消毒滅菌。
