空調有異味的主要原因是空調具備黴菌生長的三大條件（即溫暖、潮溼和營養源），所以，這些頑固雜質停留的時間久了之後，車輛的蒸發箱就會成為細菌和黴菌的生長場所，因此，每次開啟空調時，這些細菌和黴菌就會隨著空調風進入車廂內，被吸入人體，引起頭痛、發熱，突發性喉嚨痛，扁桃體感染，哮喘，流感症狀，皮炎以及傷口難癒合等不良反應，嚴重的還會使人有暈旋、胸悶等不適感。
汽車開空調後有異通常不是空調系統的問題，而是暖風/冷氣系統的風道有異物或者不太乾淨，比如說，空調系統運轉時，空氣中的水汽在空調的冷凝蒸發器表面形成冷凝水，其中一部分水在空調關閉後會留在蒸發器和空調管路中，這些水份和空氣中的微生物及汙染物相結合，在潮溼、溫暖和黑暗的空調系統中成為黴菌滋生的溫床，或者是因為駕乘者在車內吸菸產生的菸鹼，還有就是車內橡膠、塑料及皮革發出的氣味以及外界空氣中的煙霧、灰塵及廢氣進入車內，汙染空調系統。
