酵母細胞的固定採用方法一般是包埋法。是將酶或細胞包埋在能固化的載體中。如將酶包裹在聚丙烯醯胺凝膠等高分子凝膠中，或包裹在硝酸纖維素等半透性高分子膜中，前者包埋成格子型，後者包埋成微膠囊型。包埋法常用於微生物、動物和植物細胞的固定化。凝膠包埋法是應用最廣泛的細胞固定化方法。
包埋法的原理是將微生物細胞截流在水不溶性的凝膠聚合物孔隙的網路空間中。通過聚合作用或者離子網路形成，或通過沉澱作用，或改變溶劑、溫度、pH值使細胞截流。凝膠聚合物的網路可以阻止細胞的洩漏，同時能讓基質滲入和產物擴散出來。包埋法操作簡單，對細胞活性影響較小，製作的固定化細胞球的強度高，目前工業應用上以凝膠包埋法固定細胞最為廣泛。
