因為工程款與質量責任是兩個不同性質的款項，乙方施工完畢後如果經過竣工驗收或交付使用，那麼甲方應該支付工程款。至於工程質量問題，屬於甲方另行主張的權利。
何況經過了竣工驗收的工程，乙方承擔的是質量問題的修復責任；交付的工程，乙方只對主體結構的質量問題承擔責任。這些都需要甲方證明。
如果工程沒有經過竣工驗收，也沒有交付，甲方扣款不承擔違約責任。因為甲方有權不支付工程款，或者屬於支付工程款條件不成就。
【法律依據】
根據《建設工程司法解釋二》第14條規定：當事人對工程造價、質量、修復費用等專門性問題有爭議，人民法院認為需要鑑定的，應當向負有舉證責任的當事人釋明。當事人經釋明未申請鑑定，雖申請鑑定但未支付鑑定費用或者拒不提供相關材料的，應當承擔舉證不能的法律後果。
