金絲皇菊泡水一般是淡黃色的，主要是因為其中的黃酮類等物質導致的。黃酮類物質是存在與植物中的一種很常見的抗氧化物質，它也是人們認為喝茶有益健康的主要原因，但是黃酮類物質十分不穩定，很容易被空氣中的氧氣氧化，進而失去本來的黃色色澤，而變成綠色，所以菊花茶放一段時間一般就會變色。
除了氧氣會有影響之外，泡茶用水的酸鹼性和水中的金屬離子也會對菊花茶的顏色產生影響。武漢大學有研究發現，如果泡茶用水偏鹼性，菊花茶會偏黃色，如果水偏酸性，泡出來的茶就會偏紅橙色；如果水中的鐵離子、鋁離子比較多，這些金屬離子會和黃酮類物質發生螯合反應，也會造成菊花茶顏色不一樣，一般來說，自來水中金屬離子比較多，而蒸餾水中金屬例子幾乎沒有，所以，用自來水泡的菊花茶會偏黃橙色，而用蒸餾水泡的茶顏色會淡一些。
