華南農業大學水利與土木工程學院於2005年4月正式成立。水利與土木工程學院溯源於1985 年在農業工程系開設的農業建築與環境工程專科專業，1989年開設工業與民用建築本科專業，在1998年教育部專業調整中，改為土木工程專業。
目前學院本科教育共設定水利水電工程系、土木工程系、建築學系、工程管理系，有土木工程和水利水電工程兩個專業，其中土木工程專業分設建築與景觀設計方向、工程管理方向。此外，學院現有農業水土工程、農業生物環境與能源工程專業在讀碩士、博士研究生共20多名。根據社會需求和現有條件，爭取在2010年前，本科教育再申報建築景觀設計、工程管理、農業水利工程3個新專業，研究生教育力爭申報水文學及水資源、工程力學專業的碩士授權點。
學院培養的畢業生主要在政府相關部門、教育部門和企業單位等從事房屋建築設計、土木工程施工、管理、科研、教育、投資和開發等方面工作。
