農業水利工程專業是河海大學的傳統優勢專業。該專業傳承五十餘年辦學的優良傳統，依託河海大學水利、岩土、力學等國家重點學科，堅持為水利、農業等部門基層單位培養高階技術人才的專業定位，培養從事灌溉、排水工程的勘測、規劃、設計、施工、管理和科學研究工作，併兼顧城鎮規劃、工業民用建築、鄉鎮供水工作的高階工程技術人才。本專業畢業生具有“基礎紮實、知識面寬、適應性強”的特點，在國內享有很高聲譽，總體水平國內一流。
主要課程有材料力學、水力學、土力學、結構力學、工程經濟、農田水利學、水工建築物、水泵及水泵站、水電站、水土資源規劃與管理、鋼筋混凝土結構、房屋建築、城鎮供排水等。
此專業可在農業水土工程、水利水電工程、港口及航道工程、水安全與水災害等水利學科，以及土木工程、交通工程、環境工程等相關工科學科，繼續攻讀碩士、博士學位。
