一、提現費用不同。支付寶商家碼所收款項提現免費，個人碼所收款項提現收費，按照提現金額的0.1%收取。
二、支援的收款方式不同。支付寶商家碼支援餘額支付、餘額寶支付、儲蓄卡支付、信用卡支付、花唄支付，個人碼支援餘額支付、餘額寶支付、儲蓄卡支付。
三、收款額度不同。支付寶商家碼收款無限制額度，個人碼收款存在每年20萬元的限制額度。
四、權益不同。支付寶商家碼商戶可以免費獲得100萬元安全險，個人碼收款者需要支付保險費用才能獲得資金保障。
自2018年2月10日開始，成功申請商家碼的使用者，通過商家碼二維碼、支付寶客戶端首頁的個人收款的二維碼、及其列印碼收錢免費，收入的資金，將享受收入資金同等金額的免費提現額度。
如果支付寶商家碼選擇使用花唄收款和信用卡收款，則會產生新的不同。支付寶商家碼花唄收款、信用卡收款，支付寶會收取交易金額0.8%的服務費。由於個人碼無此功能，所以個人碼沒有收款服務費。
使用者可以根據實際情況選擇商家碼或個人碼收款。
