支付寶商家碼所收款項提現免費，而且支付寶商家碼收款無限制額度。除此以外，支付寶商家碼支援餘額支付、餘額寶支付、花唄支付、儲蓄卡支付以及信用卡支付，最高可以免費獲得100萬元安全險。
最明顯的區別就是，個人碼所收款項提現收費，按照提現金額的0.1%收取。而且，個人碼收款者需要支付保險費用才能獲得資金保障。個人碼收款存在每年20萬元的限制額度，並且僅支援餘額支付、餘額寶支付、儲蓄卡支付。
總的來說，支付寶商家碼和個人碼有提現費用不同、收款額度不同、權益不同以及支援的收款方式不同這四個方面的區別。對於成功申請商家碼的使用者，將享受收入資金同等金額的免費提現額度。
