明代衛所制有以下缺點：
1、衛所制度是一種軍事組織形式。明太祖朱元璋的構想是恢復古代兵農合一之制，這實際上已經違反了自唐末以來兵農分離，軍事專業化的大趨勢，但是在明初國家戰亂不休，急需軍事人員物資的情況下，衛所制最大程度的調動了人員和物資。朱元璋曾說吾養兵百萬，不費百姓一粒米，只是一種美好的願望，實際上，士兵糧餉短缺的情況一再出現，與朱元璋的的設想形成鮮明對比。
2、軍籍和民籍之分使得士兵無法落戶。這一缺點造成了社會問題，而且世代為兵成為了一種沉重的負擔。勾軍和清軍使得各地之人疲於奔命，路途上耗費了大量的生活物資，後來楊士奇上疏希望將兵源與戍地重新劃分，以省民力。
3、將不識兵，兵不識將。為了防止武人形成私人勢力，尤其是與地方勢力的結合，所以明代的衛所也借鑑了西魏、北周、隋、唐的府兵制。結果造成了明代軍事征伐中的配合與協調很難歸於前線統帥。
