整個陵園可分為四個層次，即地下宮城為核心部位，其它依次為內城、外城和外城以外，各各主次分明。
陵園的核心是地宮。秦陵地宮位於內城南半部的封土之下，相當於秦始皇生前的宮城。
其次是內城。內城是秦陵園的重點建設區，內城垣內的地面地下設施最多，尤其是內城的南半部較為密集。內城北半部的西區是便殿附屬建築區，東區是後宮人員的陪葬墓區。這種佈局清晰地說明：內城南部為重點區，北部為附屬區。而南北兩部設施的內涵，均屬於宮廷的範圍。
再次是外城，即內外城垣之間的外廓城部分，其西區的地面和地下設施最為密集，南、北兩區尚未發現遺蹟、遺物。這種佈局說明外廓城的西區是重點區，其內涵為象徵京城內的廄苑、囿苑及園寺吏舍。與內城相比，顯然居於附屬地位。
最後是外城垣之外的地區。有三處修陵人員的墓地、磚瓦窯址和打石場等，北邊發現有陵園督造人員的官署及酈邑建築遺址，屬於最次級邊緣的地位。
