濃縮膠的作用如下：
1、減小離子在移動時的阻力。濃縮膠濃度低，孔徑大，因此濃縮膠可以減小離子在移動時的阻力。
2、可以堆積在一起。濃縮膠具有堆積作用，可以把較稀的樣品加在濃縮膠上，經過大孔徑凝膠的遷移作用而被濃縮至一個狹窄的區帶中。
3、提高電泳的準確度。濃縮膠可以形成以穩定的介面，使蛋白聚集在移動介面附近，濃縮成一中間層，大大提高了電泳的靈敏度。
分離膠的作用如下：
1、提高原子的間距。分離膠為一種水溶性膠粘劑，可以提高原子的距離，從而達到使物質的目的。
2、使蛋白質相互分離。分離膠可以使蛋白質樣品按照蛋白質的相對質量的大小分離。
