農村合作醫療繳費後次年的1月1日開始生效，有效期截止到次年12月31日。現在農村合作醫療改革成新農村合作醫療了。新型農村合作醫療，簡稱“新農合”，是指由政府組織、引導、支援，農民自願參加，個人、集體和政府多方籌資，以大病統籌為主的農民醫療互助共濟制度。採取個人繳費、集體扶持和政府資助的方式籌集資金。
法律依據：
《中華人民共和國社會保險法》第二條，國家建立基本養老保險、基本醫療保險、工傷保險、失業保險、生育保險等社會保險制度，保障公民在年老、疾病、工傷、失業、生育等情況下依法從國家和社會獲得物質幫助的權利。
