1、繳納費用不同。一檔和二擋相差的費用和所在地區有關，二擋都要比一檔貴一些，但是貴不太多，基本都在兩百元之內，如果家庭條件允許，可以選擇交二檔費用。
2、保障範圍不同。新農合將完善重大疾病醫療保障機制，以省為單位全面推開兒童白血病等20類重大疾病醫療保障工作。加快商業保險機構參與新農合經辦服務，開展利用人均15元左右的新農合基金購買大病保險試點，加強新農合精細化管理。
3、享受待遇不同。在定點醫院住院發生的符合統籌基金支付規定的醫療費用，按照一檔標準繳費的報銷比例分別為85％（基本藥物為90％）、70%、55％，按照二檔標準繳費的報銷比例分別為85％（基本藥物為90%）、75%、65％。
