起始密碼子可以編碼氨基酸，真核生物中多為AUG，對應甲硫氨酸；終止密碼子不編碼氨基酸。通常為UAA、UAG、UGA三個中的一個。
信使RNA（mRNA）的開放閱讀框架區中，每3個相鄰的核苷酸為一組，代表一種氨基酸，這種存在於mRNA開放閱讀框架區的三聯體形式的核苷酸序列稱為密碼子（codon）。由A、U、C、G四種核苷酸可組成64個密碼子，其中有61個密碼子可編碼氨基酸。AUG既編碼甲硫氨酸，又作為多肽鏈合成的起始訊號，作為起始訊號的密碼子稱為起始密碼子。
絕大多數生物的起始密碼子（initiationcodon）都是AUG，作為多肽鏈合成的起始訊號，同時編碼一種氨基酸，原核生物的起始密碼子AUG翻譯對應的是甲醯甲硫氨酸（fMet），真核生物的起始密碼子AUG翻譯對應的是甲硫氨酸（Met）。某些原核生物也以GUG和UUG為起始密碼子。
