若納稅人發現代開的發票有錯誤的，應持已開具發票各聯次，在開票的次月增值稅申報時抵應徵稅款。
納稅人代開發票時已徵收入庫的稅款，發生作廢發票或開具紅字發票後，在開票金額變更情況下，不能只作廢該發票和將之前稅票附於新開發票後作繳稅憑證，應重新繳納稅款，網上審批通知後自助終端機扣繳稅款並打印發票。之前的入庫的稅款在下月申報納稅後仍產生多繳的辦理退稅。作廢發票後如需重開，在開票金額不變情況下，可不重新繳納稅款，對多徵的稅款應視不同情況進行處理：對於作為預繳稅款入庫的稅款、作廢原因的書面證明材料。當月作廢票重開發票時，則需要在電子稅務局重新填寫《代開增值稅專用發票申報單》。
