1、訴訟的目的不同。民事訴訟所要解決的是平等主體之間的民事權利和義務的爭議；行政訴訟所要解決的是國家行政機關的具體行政行為是否合法、正確問題；刑事訴訟所要解決的是涉嫌犯罪的人是否確實犯罪和犯什麼罪以及應處何種刑罰問題。
2、提起訴訟的主體不同。民事訴訟中雙方當事人都可以提起訴訟，原告起訴後，被告可以反訴；行政訴訟只能是由行政管理的相對人提起訴訟，行政機關始終處於被告地位，不能反訴；刑事訴訟除自訴案件由自訴人提起訴訟外，均由人民檢察院提起公訴。
3、舉證責任不同。在民事訴訟中，誰主張權利誰負責舉證；在行政訴訟中，只由被告(行政機關)負舉證責任；在刑事訴訟中，公訴人負有提供被告人有罪的證據，並加以證明的責任，被告人不負舉證責任，但可以提出自己罪輕或無罪的材料為自己辯護。
4、適用的法律不同。民事訴訟主要適用《民法通則》和《民事訴訟法》；行政訴訟主要適用行政法律、法規和《行政訴訟法》；刑事訴訟主要適用《刑法》和《刑事訴訟法》。
