二手房合同糾紛作為民事糾紛，可以通過協商或者訴訟的方式予以處理。
所謂協商處理，就是二手房買賣合同的當事人對合同中有爭議的部分進行協商，從而對原合同中規定的或者沒有規定的內容進行修改、刪除和增加。當事人按照協商後的內容履行各自的權利義務。
如果二手房買賣的當事人不能通過協商的方式解決二手房合同糾紛，那麼，就只能向法院起訴，要求法院來處理二手房買賣糾紛。但是，起訴時必須要收集到充分的證據來證明自己的主張，否則法院很可能不不予認可。
【法律依據】
《民法總則》第一百八十八條規定，向人民法院請求保護民事權利的訴訟時效期間為三年。法律另有規定的，依照其規定。訴訟時效期間自權利人知道或者應當知道權利受到損害以及義務人之日起計算。法律另有規定的，依照其規定。但是自權利受到損害之日起超過二十年的，人民法院不予保護;有特殊情況的，人民法院可以根據權利人的申請決定延長。
