絕對定量的目的是測定目的基因在樣本中的分子數目，即通常所說的拷貝數。相對定量的目的是測定目的基因在兩個或多個樣本中的含量的相對比例，而不需要知道它們在每個樣本中的拷貝數。
舉例來說，如果研究專案中包括處理過的和未經處理的對照樣本，通常可以將未經處理的樣本指定為基準，規定其目的基因濃度為 100%，將經處理的樣本的定量結果除以對照樣品的定量結果，就可以計算各個處理樣本的基因含量相對於未處理樣品的百分比。 絕對定量實驗必須使用已知拷貝數的絕對標準品，必須做標準曲線。相對定量可以做標準曲線，也可以不做標準曲線。
