真菌進行有性繁殖：低等真菌為配子的結合，產生結合孢子，有同配生殖和異配生殖之別，和綠藻相似。子囊菌的有性配合後，形成子囊，在子囊內產生子囊孢子。擔子菌的有性生殖後，在擔子上形成擔孢子。擔孢子和子囊孢子是有性生殖結合後產生的孢子和無性生殖的孢子完全不同。
真菌是一種真核生物。最常見的真菌是各類蕈類，另外真菌也包括黴菌和酵母。現在已經發現了七萬多種真菌，估計只是所有存在的一小半。大多真菌原先被分入動物或植物，現在成為自己的界，分為四門。真菌自成一門，跟植物、動物和細菌相區別。真菌和其他三種生物最大的不同之處在於，真菌的細胞有含甲殼素為主要成分的細胞壁，和植物的細胞壁主要是由纖維素組成的不同。20世紀的七、八十年代，黏菌、及絲壺菌不再列入真菌的範圍，但是真菌學與真菌學家的研究範圍仍包括上述物種，因此，現在把傳統的廣義真菌稱為菌物或菌類。
