遊離核糖體與附著核糖體的區別是：遊離型核糖體合成的是胞內蛋白，即合成後在此細胞內部發揮作用的蛋白質，如染色體上的蛋白質、細胞膜上的蛋白質、線粒體和葉綠體及細胞質基質中的酶。
附著在內質網上的核糖體合成的是分泌蛋白，即合成後要分泌到細胞外的蛋白質，如一些消化酶、激素等。
真核細胞中，核糖體進行蛋白質合成時，既可以遊離在細胞質中，稱為遊離核糖體(freeribosome)。也可以附著在內質網的表面，稱為膜旁核糖體或附著核糖體。參與構成RER，稱為固著核糖體或膜旁核糖體，是以大亞基圓錐形部與膜接著遊離核糖體(freeribosome)。分佈線上粒體中的核糖體，比一般核糖體小，約為55S(35S和25S大、小亞基),稱為胞器或線粒體核體.。
