這兩種摩托車的不同之處主要在於發動機結構，動力，價格，平順性等。雙缸發動機的動力，平順性都要比單缸發動機更好，但是雙缸發動機結構更加複雜，成本更高，價格也是更貴的。
摩托車的發動機工作原理其實與汽車發動機是相同的。
大部分摩托車都在使用四衝程汽油發動機，這種發動機在工作時有四個衝程，這四個衝程分別是吸氣衝程，壓縮衝程，做功衝程，排氣衝程。
發動機處於吸氣衝程時，進氣門會開啟，此時活塞會向下運動吸入可燃混合氣。
發動機處於壓縮衝程時進排氣門都會關閉，此時活塞會向上執行壓縮可燃混合氣。
發動機處於做功衝程時，火花塞會點燃汽缸內的可燃混合氣，燃燒的可燃混合氣會向下推動活塞，此時活塞會向下運動，這樣發動機就可以輸出動力了。
發動機處於排氣衝程時排氣門會開啟，此時活塞會向上執行，這樣就可以將汽缸內的廢氣排出了。
在發動機執行時，發動機會不斷迴圈這四個衝程。
也有一些摩托車會使用二衝程發動機，二衝程發動機的工作原理與四衝程發動機是不同的。
