人體微生態失衡就是正常的微生物群之間和正常微生物群與宿主之間的微生態平衡，在外環境影響下，由生理性組合轉變為病理性組合狀態。簡單說，人體微生態失衡就是體內菌與菌的失調，或是菌與機體的失調，或是菌和機體的統一體與外環境失調，使人體從正常情況轉為病態。
腸道微生態系統在人體微生態系統中是最主要的，在微生態學發展的早期，學者們所說微生態失調就是指腸道菌群紊亂。實際上，人體微生態平衡不單單侷限在腸道，在人的面板、口腔、呼吸道、陰道也都有微生態環境，微生態失調影響整個機體健康。
導致人體微生態失調的原因有多方面，有關專家認為，這些原因造成的影響有些可能是一個累積的過程，不會立即導致人體患病，但人體微生態失調是導致亞健康的重要因素。
