1、遺傳分析是傳統的研究基因功能的方法。通過表型來尋找引起功能異常的突變，但是尋找點突變無異於大海撈針，非常困難。
2、正向遺傳學方法，用物理方法或化學誘變劑造成的許多突變，通過表型來研究基因功能，該方法侷限在於涉及多點、多個基因的變化，而且很難確定是哪個基因在起作用。
3、反向遺傳學方法轉基因，技術出現在八十年代初，有效但是穩定性較差，效率並不高。
4、隨著現代分子生物學技術的不斷提高和小鼠胚胎幹細胞技術的成熟，八十年代末發展了革命性的基因打靶技術。基因打靶技術是一個從分子水平來研究基因功能的有效途徑，但是該技術需要對靶基因的結構和功能有相當深的瞭解，才能設計出可行的同源重組方案。
