一般沒有什麼危害，微波是一種電磁波，跟收音機和電報所用的電波、紅外線、以及可見光本質上是一樣的，差別只在於頻率的不同。主要是控制加熱溫度。加熱溫度過高，比如溫度超過120度，食物容易產生致癌物質；一般加熱溫度在100度以下，是不會產生有害物質的。只要合理控制加熱溫度，相對於其他加熱方式，微波加熱還是比較安全的。
因為微波是一種輻射，有一種錯誤的觀點認為它會致癌。事實上，微波是一種電磁波，跟收音機和電報所用的電波、紅外線、以及可見光本質上是同樣的東西。它們的差別只在於頻率的不同。微波的頻率高於電波，低於紅外線和可見光。處於這一頻率波段的電磁波是不會致癌的。
微波爐如用於加熱，一般不需要達到100度以上；對於粥、湯、牛奶、米飯、麵條之類高水分食品而言，只要水分沒有被蒸乾，食物溫度會始終維持在100度，不會出現產生致癌物的情況。因此正常使用的微波爐不會讓食物產生致癌物質。甚至根據相關研究，微波爐與傳統加熱方式，尤其是燒、烤、炸等方式相比，還可以有效降低上述致癌物的產生。
