微波爐主要是通過微波來加熱食物的。而通過實驗表明，微波會影響蛋白質的結構，會把食物中的左旋脯氨酸（L-proline）轉成右旋脯氨酸（R-proline），而後者已證實是神經系統、肝臟、腎臟的毒素。因此，長期使用微波爐加熱的食物，可能會對身體有所影響。
此外，另一項瑞典的研究，利用對照方法，把一些不含脂肪、膽固醇的蔬菜用微波爐加熱，發現測試者進食後，血液中的高密度血脂蛋白（HDL，俗稱“好膽固醇”）下降，低密度血脂蛋白（LDL）及超低密度血脂蛋白（VLDL，俗稱“壞膽固醇”）上升，而用傳統方法煮熟的食物，卻沒有此現象。當然不是說使用微波爐就一定會有以上情況，只是在生活中可能多吃新鮮食物，以補充身體每天的能量消耗。
