在變動成本方面，由於糧食價格的上漲，用玉米生產燃料乙醇的原料成本居高不下。按照行業平均水平，每3、3噸玉米可以生產出1噸燃料乙醇。以2007年1~6月的市場平均價格計算，玉米的市場行情為1500~1700元/噸，加上800元左右的加工費、100元的脫水費用和100元的銷售費用，每噸燃料乙醇的成本約為5950~6610元。這還不包括由於減少了二氧化碳的排放量，每年可以獲得CDM（清潔發展機制）專案資金。
CDM專案的核心內容是允許發達國家應用資金和技術與發展中國家合作，在發展中國家實施生物質能的開發和利用，從而達到減少溫室氣體排放的目的。
