故事發生在距今並不遙遠的二十一世紀中期，主角林肯和幾百個夥伴生活在一個類似於烏托邦的地下社會中，在他們周圍是先進的精密儀器，有條不紊的生活節奏和高效智慧的防禦系統，雖然終日不見天日，但根據基地科學家的描述，在他們的頭上，整個星球已經被核戰徹底地汙染，已經沒有任何生物能夠在那裡生存，烏托邦的生活雖然一切井井有條，但自然和自由更令人嚮往，所有基地的居民都盼望著一個抽籤的機會，幸運者將會被送到最後一個未被汙染的地方，一個的世外桃源，由於基地管理者的疏忽，一隻外面世界的飛蛾飛進了這座封閉已久的地下城市，它的出現令林肯疑竇頓生，因為按照基地管理者的說法，所有的生物都在核戰中滅絕了，在飛蛾的帶領下，林肯來到了基地的中心，在那裡他看到自己從前被選中前往的朋友斯塔克威澤，但展現在面前的並非描述中的美麗，基地的科學家正為他施行手術，他的器官被取出送出基地，至此林肯終於明白，自己的生活其實一個巨大的謊言，他們都是被克隆組織控制的克隆人，他們存在的意義只是為本體提供新鮮健康的器官。得以真相的林肯逃離基地，進入他們從未涉足的現實生活之中，他要前往洛杉基找到自己的本體，解開關於自己身世的最後的祕密，但此時國家特工和基地組織的殺手已經將他們鎖定為最危險的目標，一場獵殺和抗爭，追逐與逃脫的鬥爭已經拉開了序幕。
