1、考察範圍不同：《申論》考試面向公務員，考查社會共性問題，比如教育改革，更多側重考核考生的政治敏感度，對政策的把握，屬於方向性；《綜合應用能力》考試面向事業單位，考查考生在某一領域內、專業性更強，實際解決問題的能力，處理具體問題。
2、考試題型不同：《綜合應用能力》考試包括除了《申論》中基本題型外，還增加了辨析題、校閱改錯題、認證評價題、科技文獻閱讀及科技實務題等。就應用文這一方面來說，它包括公文和事務性文書，《申論》一般在小題裡考查公文寫作，而《綜合應用能力》可能會在大題裡考查事務性文書寫作。
3、答題難度不同：申論側重於考查政務熱點和焦點問題，材料相對集中。《綜合應用能力》由於材料較少，出題更靈活，考核範圍更加廣泛，這也給了考生更多的發揮空間，所以難度更大一些。
