合作醫療報銷有時間限制。農村合作醫療報銷期限各地規定不一樣,一般是規定在當年報銷，跨年度的不超過一季度。跨結算年度2個月，原則上不予結算。參合農民患病住院，可在全市範圍內自由選擇定點醫療機構就診。
確因病情需要轉到市外醫療機構就診的，患者本人或其親屬必須在3個工作日內報市合管中心備案，以便核查。轉至市外住院的醫療機構必須是公立二級以上醫療機構。
在外務工的參合農民，因病在當地公立醫療機構就診，由本人或其家屬在3個工作日內向市合管中心申請備案，其發生的符合新型農村合作醫療支付範圍的住院費用，先由個人墊付，治療終結後憑當地公立醫療機構提供的出院記錄、住院收費清單、收費收據，到市合作醫療經辦機構申請辦理補償手續，經稽核符合補償條件的按市外醫療機構報銷比例予以補償。
