商鋪出租轉讓糾紛有兩種情形，第一種是商鋪的所有權人直接將商鋪出租轉讓給承租人，這種情況比較簡單，主要在簽訂租賃合同時明確約定雙方的權利義務以及違約責任，倘若發生糾紛，則根據合同約定進行協商或是向人民法院提起訴訟。
第二種情形是商鋪的承租人將商鋪再次轉讓給次承租人，對於這種情況，首先應當判斷承租人轉租該商鋪有沒有經得出租人的同意，如未經得出租人同意的，出租人可以解除合同，但是出租人知道承租人轉租後在六個月內沒有提出異議的，視為其同意轉租;其次，如果承租人轉租租賃的商鋪是經得出租人同意的，則次承租人和承租人應嚴格按照原租賃合同約定的權利義務和租賃期限進行轉租。發生糾紛的，也可以依據租賃合同及轉租合同的約定進行協商和向人民法院提起訴訟。
【法律依據】
《合同法》第二百二十四條
承租人經出租人同意，可以將租賃物轉租給第三人。承租人轉租的，承租人與出租人之間的租賃合同繼續有效，第三人對租賃物造成損失的，承租人應當賠償損失。承租人未經出租人同意轉租的，出租人可以解除合同。
