1、貿易方面：進料加工是出口企業用外匯從國外購進原材料，經生產加工後復出口的一種貿易方式。來料加工是由外商提供一定的原材料或技術裝置，出口企業根據要求進行加工裝配，將成品出口收取加工費的一種貿易方式。
2、風險方面：進料加工使用外匯佔用週轉資金，承擔著出口貨物質量與國外銷售的風險。來料加工不佔用資金，也不考慮銷售存在的風險。
3、物權方面：進料加工擁有產品的所有權，出口企業與外商是買入與賣出的交易關係。來料加工不擁有產品的所有權，出口企業與外商之間是受託與委託的協議關係。
4、稅收方面：進料加工自營或委託代理出口的貨物生產企業增值稅執行“免、抵、退”稅辦法，其應稅消費品免徵消費稅。外貿企業增值稅執行“免、退”稅辦法，其應稅消費品退還消費稅。來料加工出口貨物實行免徵增值稅、消費稅辦法，加工企業取得的工繳費收入免徵增值稅、消費稅，出口貨物所耗用國內原料支付的進項稅額不得抵扣，轉入生產成本，其國內配套的原材料已徵稅款也不予退稅。
