bbs1酶切溫度為37攝氏度，反應溫度過高或過低都會影響酶活性，甚至導致酶的失活，只有在最適溫度下，酶活最高。酶切是對粘末端的DNA分子和載體分子進行切割，以獲得相應的粘末端連線。酶切可以是單酶切也可以是雙酶切。單酶切操作比較簡單，但雙酶切如果兩種酶所用緩衝液成分不同或反應溫度不同，這時可以採用如下措施解決：
1、先用一種酶切，然後乙醇沉澱回收DNA分子後再用另外一種酶切。
2、先進行低鹽要求的酶切，然後新增鹽離子濃度到高鹽的酶反應要求，加入第二種酶進行酶切。
3、使用通用緩衝液進行雙酶切，具體要根據酶的反應要求進行，儘量避免活力損失。
