杭州站與杭州東站主要區別在於位置不同、車站性質不同、成立時間不同。
1、所在地區不同：杭州站是指城站，在下城區，杭州東是指火車東站，在江乾區。
2、車站性質不同：杭州東站（高鐵站、樞紐站、中轉站）；杭州站（客貨站、高鐵、普鐵站）。
3、成立時間不同：杭州站始建於1906年11月14日（清光緒三十二年），時稱清泰門站，是杭州建成最早的火車站之一。先後歷經一次遷址，三次重建。1999年12月28日，第三次重建後的杭州站正式投入使用。杭州東站始建於1992年4月1日，於2008年12月27日進行改擴建。2013年7月1日，改建後的杭州東站正式投入運營。2014年1月1日，杭州東站西廣場投入使用。
杭州站（城站）杭州站為城站，是老火車站。主要停靠普速列車，當然也有動車組列車，整點發車去上海的高鐵，幾乎全在杭州站。
杭州東站位於城東新城天城路1號，是杭州市的東大門，一座高度核心的客運特等站， 也是杭州目前接駁功能最為齊全的交通樞紐，是全國大型鐵路樞紐站之一。
杭州東站為亞洲最大的鐵路樞紐之一，同時也是滬杭高鐵、寧杭高鐵、商合杭高鐵、杭甬高鐵、杭長高鐵、杭黃客運專線、杭福深客運專線的始發樞紐站。
