杭州東和杭州南車站地址不同、車站規模不同、主要線路不同。
1、車站地址不同：杭州東站車站地址在浙江省杭州市江乾區全福橋路2號。杭州南站車站地址在浙江省杭州市蕭山區站前路1號。
2、車站規模不同：杭州東站建築面積約34萬平方米（截至2019年12月）。站臺規模是15臺30線（截至2019年12月）。杭州南站建築面積約22.8萬平方米。站臺規模是7臺21線。
3、主要線路不同：杭州東站主要線路有滬昆鐵路、宣杭鐵路、蕭甬鐵路、滬昆高速鐵路、寧杭高速鐵路、杭甬高速鐵路、杭黃高速鐵路。杭州南站主要線路有滬昆鐵路、蕭甬鐵路、杭甬高速鐵路、滬昆高速鐵路、杭黃高速鐵路等。
