杭州南站和杭州東站的主要區別是：車站地址不同、車站規模不同、主要線路不同。
1、車站地址不同
杭州南站的車站地址位於浙江省杭州市蕭山區站前路1號；而杭州東站的車站地址位於浙江省杭州市江乾區全福橋路2號。
2、車站規模不同
建築面積為22.8萬平方米，站臺規模：7臺21線；而杭州東站的建築面積為34萬平方米，站臺規模：15臺30線。
3、主要線路不同
杭州東站的主要線路為：滬昆鐵路、宣杭鐵路、蕭甬鐵路、滬昆高速鐵路、寧杭高速鐵路、杭甬高速鐵路、杭黃高速鐵路；而杭州南站的主要線路為：滬昆鐵路、蕭甬鐵路、杭甬高速鐵路、滬昆高速鐵路、杭黃高速鐵路等。
