通常沒開封的月餅保質期是20-90天。月餅的保質期主要受餡料的影響，同時也受包裝的影響，水果餡兒的月餅大概能儲存一個月左右，而豆沙、紅棗等甜味的糖餡稍微長一些，冰皮月餅保質期最短，放冰箱可儲存15-20天。
月餅中含脂肪較多，存放時還應注意避光，以防油脂氧化。月餅的餅餡通常分為軟硬兩種，軟餡中含水分較多，只能儲存7到10天左右，而硬餡月餅則可儲存1個月左右，盒裝月餅，應將盒蓋開啟使其通風。月餅含有豐富的油脂和糖分，受熱受潮都極易發黴、變質，所以一定要將月餅存放在低溫、陰涼、通風的地方，一般來說，月餅皮軟、水分大、易變質，最好將月餅連帶包裝盒一起放入冰箱冷藏室，食用前一小時取出，可保證它的口味。月餅存放時，不宜與其他食品、雜物放在一起，以免串味，失去應有的口味和特色。
