皮蛋可放在塑料袋內密封儲存，置於陰涼通風處，一般可儲存3個月左右而風味不變。不能將皮蛋放到冰箱裡儲存，甚至冷凍起來，皮蛋由鹼性物質浸泡而成的，成膠狀體，含水分約70%左右，經冷凍以後，水分會逐漸結冰。此時將松花蛋拿出來吃，冰會逐漸融化，其膠狀體就會變成蜂窩狀，改變了松花蛋原有的醇厚清香的風味，降低了食用價值。而且低溫會使松花蛋色澤變黃，口感變硬，同正常的松花蛋差異極大。
皮蛋的保質期：一般情況下皮蛋可以儲存3-5個月，如果是已經開啟後的皮蛋，一定要在1-2小時內吃完，不要長時間暴露在空氣中或放在冰箱裡留著下頓吃，否則易感染沙門氏桿菌。因為沙門氏桿菌生長的適宜溫度為20℃~37℃，它會與灰塵一起飄浮在空氣中，遇到適合的載體就迅速繁殖。皮蛋正是這樣一個載體，它能為沙門氏桿菌提供大量的營養，使細菌迅速繁殖，這種帶菌蛋食用後會引起中毒。值得注意的是，感染此菌的皮蛋即使放在冰箱裡，低溫也阻止不了細菌的大量繁殖，只是使其不太活躍而已。
